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Departamento de Genética y Microbiología. Universidad Autónoma de Barcelona. 08193 Bellaterra (Barcelona). E-mail: Jordi.Escolano@uab.es
El suelo es un ambiente complejo y dinámico, donde la actividad biológica reside principalmente en los microorganismos. Las diferentes poblaciones que integran estos ecosistemas tienen un papel crucial en la productividad de los mismos, participando como elementos clave en procesos tales como la formación del suelo, la descomposición de materia orgánica, la eliminación de toxinas o en los ciclos biogeoquímicos. Además, desempeñan un papel fundamental en la estimulación del crecimiento vegetal y en el control de enfermedades, aspectos de gran interés en suelos destinados a la práctica agrícola. Tanto los factores bióticos como los abióticos tienen un profundo efecto sobre la comunidad microbiana del suelo, modificando su composición y actividad. De esta manera, parámetros como las características del suelo, la especie vegetal, el estado fenológico de la planta o el tipo de práctica agrícola determinarán la biodiversidad del ecosistema. Tradicionalmente, los estudios realizados sobre la microbiota del suelo estaban basados en métodos cultivo-dependientes. Posteriormente, la introducción de métodos moleculares ha permitido tener una visión más amplia de la diversidad de dichos ecosistemas, poniéndose de manifiesto que tan solo entre un 0,1 a un 1% de la comunidad microbiana total del suelo puede ser cultivada. El objetivo planteado en esta investigación ha sido el estudio de la comunidad bacteriana del suelo de una finca dedicada al cultivo de distintas variedades de peral (Pyrus communis) con el fin de determinar su composición. Concretamente, se han analizado tres variedades: Conference, Blanquilla y Williams. Las muestras fueron recogidas de 6 parcelas, dos de cada variedad, durante las estaciones de primavera y verano, a lo largo de dos años consecutivos. La extracción del DNA se realizó utilizando un kit comercial (MoBio). Mediante PCR se amplificaron los fragmentos del gen rRNA 16S, utilizando cebadores específicos del Dominio Eubacteria. Los productos obtenidos fueron analizados mediante la técnica de electroforesis en geles de poliacrilamida de gradiente desnaturalizante (DGGE). Los patrones de bandas representativos de la comunidad fueron analizados, en términos de similitud o disimilitud, utilizando el coeficiente de Jaccard, y representados en forma de dendrogramas. Finalmente, las bandas prominentes fueron recuperadas del gel y su secuenciación está actualmente en curso. Los patrones de DGGE obtenidos presentaban una gran complejidad. La comparación de dichos perfiles mostró la presencia de bandas comunes en todas las muestras. Sin embargo, en otros casos se observaron notables cambios, tanto en el número, como en la distribución de bandas. Los análisis realizados hasta el momento han puesto de manifiesto variaciones entre las diferentes variedades de una misma especie y, por lo tanto, no podemos hablar de un único patrón para esta especie. Además, los patrones de las diferentes muestras sugieren que el estado fenológico del árbol puede tener un efecto sobre la composición bacteriana del ecosistema estudiado.