Discrepancias entre frecuencias de recombinacion y distancia física en Aspergillus: Implicaciones en la identificación de genes.

Cobeño, L.¹, Espeso, E.A.¹, y Arst, H.N. ²

¹Dept. Microbiología Molecular, Centro Investigaciones Biológicas. CSIC. Ramiro de Maeztu, 9. 28040 Madrid (España). ²Dept. Infectious Diseases. Faculty of Medicine. Imperial College London. DuCane Rd. London W12 o­nN (UK). lauracobe@cib.csic.es

En la era de la secuenciación de genomas una forma rápida para identificar genes es utilizar las frecuencias de recombinación entre mutaciones. El trabajo que se presenta muestra las dificultades en la identificación de un gen próximo al centrómero, el gen halA.

A pesar de lo avanzado de la secuenciación del genoma de Aspergillus nidulans (10x), se desconoce la longitud y la secuencia de los centrómeros de los ocho cromosomas que este hongo filamentoso posee, aunque si su situación aproximada en cada cromosoma. El mapeo genético de la mutación halA24 determina que el gen mutante está localizado en el brazo derecho del cromosoma III de Aspergillus nidulans y muy próximo, 1.8 cM, al gen phenA. En primer lugar identificamos el gen phenA (situado a 59 kb del centrómero), y a continuación, utilizando la base de datos del genoma de Aspergillus y el análisis del fenotipo causado por la mutación halA24, intentamos identificar al gen halA en la proximidad del locus phenA, fracasando en nuestra búsqueda. Utilizando la técnica del “paseo cromosómico” finalmente pudimos identificar al gen que portaba la mutación halA24 y determinar que la distancia física entre las mutaciones phenA2 y halA24 es de más de 66 kb.

Extendimos nuestra búsqueda a otros marcadores genéticos frecuentemente utilizados en A. nidulans. Hemos determinado la distancia física entre siete loci diferentes, caracterizando una mutación en cada locus, cuatro en el brazo derecho del cromosoma III y tres en el brazo derecho del cromosoma IV. Nuestro trabajo muestra que la frecuencia de recombinación entre mutaciones en genes próximos al centrómero se reduce considerablemente en A. nidulans. Hemos determinado que en la cercanía del centrómero 1 cM corresponde a aproximadamente 50 kb, mientras que esta relación se reduce a menos de 2 kb por cM a una distancia de 240 kb de los centrómeros. Este resultado tiene implicaciones importantes en las búsquedas de genes de Aspergillus que estén situados en las regiones pericentroméricas basándose en los datos existentes de genética clásica.