Análisis genómico de factores sigma con función extracitoplásmica (ECF) en Pseudomonas syringae

Oguiza, J.A.¹, Kiil, K.² y Ussery, D.W.²

¹Departamento de Producción Agraria, Universidad Pública de Navarra, 31006 Pamplona, Navarra. ²Center for Biological Sequence Analysis, Department of Biotechnology, The Technical University of Denmark, DK-2800 Lyngby, Denmark.

E-mail: jose.oguiza@unavarra.es

Los factores sigma que controlan funciones extracitoplásmicas (ECF) están ampliamente distribuidos en bacterias como un mecanismo de regulación transcripcional en respuesta a señales ambientales específicas, y se ha propuesto la existencia de una correlación entre los estilos de vida bacterianos y el número de factores sigma ECF. Pseudomonas syringae es una bacteria localizada en la superficie de las hojas que puede encontrarse como un comensal inofensivo o como un importante patógeno de plantas. El número de factores sigma ECF caracterizados en bacterias patógenas de plantas es muy reducido y, por lo tanto, los factores sigma ECF de P. syringae resultan interesantes para la realización de estudios genómicos. Estos estudios genómicos pueden permitir la determinación de las funciones reguladoras de los factores sigma ECF y de los mecanismos moleculares implicados en la adaptación a la patogénesis en plantas. Se ha desarrollado un perfil de Hidden Markov Model (HMM) capaz de reconocer factores sigma ECF, y se ha utilizado para identificar factores sigma ECF en los genomas de P. syringae pv. tomato DC3000 y pv. syringae B728a. Mediante este perfil HMM se han identificado 10 factores sigma ECF en el genoma de cada patovar de P. syringae. En este trabajo, se presenta el análisis de la organización genómica de los factores sigma ECF en P. syringae y el análisis comparativo con los factores sigma ECF en los genomas de especies de Pseudomonas relacionadas con estilos de vida diferentes (la bacteria patógena oportunista humana P. aeruginosa PAO1 y la bacteria saprofita no patógena P. putida KT2440) y de otras Proteobacterias patógenas de plantas (Erwinia, Ralstonia y Xanthomonas). Aunque el tamaño del genoma es similar entre las especies de Pseudomonas analizadas, el número de factores sigma ECF en P. syringae es significativamente inferior en comparación con los 19 factores sigma ECF de P. aeruginosa y P. putida. Estos datos sugieren que para la adaptación a la patogénesis en plantas en el genoma de P. syringae han ocurrido importantes cambios sin una reducción del tamaño, y esta diferenciación genómica ha originado la perdida de funciones reguladoras controladas por distintos factores sigma ECF.