Identificación de las especies del género Debaryomyces mediante secuenciación

Martorell, P., Fernández-Espinar, M.T. y Querol, A.

Departamento de Biotecnología de los Alimentos, Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos (CSIC), P.O. Box 73, E-46100 Burjassot, València, España. pmartorell@iata.csic.es.

El género Debaryomyces está comprendido por 15 especies [1], de las cuales 9 se encuentran asociadas a gran variedad de alimentos procesados. Normalmente, su presencia en los alimentos no tiene efectos perjudiciales, sin embargo, un excesivo crecimiento de estas levaduras, puede causar cambios sensoriales indeseables por la formación de malos aromas y sabores [2]. Así, se describen como contaminantes típicos de yogures, helados, pescado, marisco, etc. [3]. La utilización de métodos rápidos y precisos para su identificación y diferenciación resulta, por tanto, de gran interés.

En la última década, los métodos de identificación basados en secuencias de los genes ribosomales 26S y 18S han adquirido gran importancia. Sin embargo, en el caso del género Debaryomyces, estos métodos no han sido útiles dado el bajo grado de divergencia nucleotídica que presentan estas regiones entre las distintas especies. Otro método muy utilizado para identificación de especies de levaduras es el basado en la amplificación por PCR y posterior análisis de restricción de la región ribosomal 5.8S-ITS. Sin embargo, resultados del presente trabajo y de otros autores [4] muestran la falta de resolución de esta técnica para diferenciar las especies reconocidas actualmente en el género.

Con objeto de proporcionar sistemas para la inequívoca identificación de estas especies, en el presente trabajo se propone la secuenciación de la región 5.8S-ITS y su posterior comparación con secuencias de las bases datos para las especies D. carsonii, D. etchelsii, D. maramus, D. melissophilus, D. occidentalis y D. yamadae). Por otro lado, para aquellas especies que mostraron una gran similitud de secuencia en esta región (D. castellii, D. coudertii, D. hansenii, D. nepalensis, D. polymorphus, D pseudopolymorphus, D. robertsiae, D. udenii y D. vanrijiae), la mejor aproximación es la comparación de secuencias del gen nuclear ACT1.

Bibliografía

[1] Nakase, T., Suzuki, M., Phaff, H.J. and Kurtzman, C.P. (1998) Debaryomyces Lodder and Kreger-van Rij Nom. Cons. In: The yeasts, a taxonomic study (Kurtzman, C.P. and Fell, J.W., Eds.), pp. 157-173. Elsevier Science Publishers, Amsterdam, The Netherlands.

[2] Demain, A.L., Phaff, H.J. and Kurtzman, C.P. (1998) The industrial and agricultural significance of yeasts. In: The yeasts, a taxonomic study (Kurtzman, C.P. and Fell, J.W., Eds.), pp 157-173. Elsevier Science Publishers, Amsterdam, The Netherlands.

[3] Deák, T. and Beuchat, L.R. (1996) Food spoilage yeasts. CRC Press, Boca Ratón, Florida, USA.

[4] Ramos, J.P., Valente, P., Hagler, A.N. and Leoncini, O. (1998) Restriction analysis of ITS region for characterization of the Debaryomyces species. J. Gen. Appl. Microbiol. 44, 399-404.