Alta variabilildad intraespecifica de los genes gyrAB y parCE en cepas clínicas de Stenotrophomonas maltophilia.

Valdezate S. ¹, Cervera I.¹, Alvarez D.¹, Vindel A.¹, Saéz Nieto J.A.¹, Baquero F. ², Cantón R.²

¹Servicio de Bacteriología. C.N.M. Instituto de Salud Carlos III, Majadahonda and ²Servicio de Microbiología. Hospital Ramón y Cajal. Madrid. jasaez@isciii.es

A diferencia de lo que sucede en otras bacterias gram-negativas, un alto número de polimorfismos (SNPs, single nucleotide polymorphisms) ha sido detectado en los genes gyrAB y parCE de Stenotrophomonas maltophilia. En este estudio se analizó la diversidad nucleotídica en los genes de las topoisomerases II-IV respecto a las secuencias del 16S rDNA en cepas clínicas de S. maltophilia. Tras la amplificación y secuenciación de los genes del 16S rDNA (1442 bp), gyrAB (300, 369) y parCE (273, 519) en 30 cepas clínicas de S. maltophilia caracterizadas por PFGE (ATCC 13637, 19 muestras respiratorias, 5 sangre, y 4 con otros orígenes), se realizaron comparaciones respecto a las secuencias en la cepa patrón ATCC 13637. Según las posiciones nucleotídicas del 16S rDNA 55/56/102/104 (Gould et al., J. Antimicrobial Chemother.  2004, 54, 348-53), se establecieron 3 grupos genómicos: A (n=13 cepas), B (n=14) y el C (n=3). Y de acuerdo con el triple polimorfismo en aminoácidos encontrado en ParE, se consideraron 2 poblaciones: E1 (437-Met, 465-Ile, 477-Ser, 15 cepas) y E2-3 (437-Leu, 465-Val, 477-Ala o Thr, 15 cepas). Se observó que el 77%de las cepas del grupo A del 16S rDNA presentaban una secuencia de ParE de tipo E1, mientras que el 71% del grupo B presentaban el tipo E3. El rango del número de SNPs acumulados en una misma cepa oscilaba en las secuencias del 16S rDNA (2→14), gyrAB (1→12; 1→9), y parCE (1→8; 3→28). Respectivamente, el número de sitios polimórficos/haplotipos identificados fueron 42/14, 35/21, 36/20, 25/17 y 71/25 (DNA SP 3.51 software). En las cepas con ParE tipos E2-3, la media del número de diferencias fué 1.6 veces mayor que en la cepas con el tipo E1. Se observaron agrupamientos (Clustal W, p-distance method; Mega, nj, 2000 bootstrap) en los grupos A/B para las secuencias del 16S rDNA y gyrB, y entre los tipos E1/E3 para gyrA y parCE. No se detectaron ningún agrupamiento respecto a los perfiles de PFGE.En las cepas clínicas de S. maltophilia se detectó una alta diversidad en las secuencias de parE, y en menor grado en las secuencias del 16S rDNA, gyrAB y parC. Según los genes del 16S rDNA y parE, pudieron establecerse 2 grupos principales (A1/E1, B/E3). El número de mutaciones polimórficas en cepas del tipo E2-3, pero monomorficas en E1 fueron al menos 2 veces mayores en gyrAB y en parE.