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1- Institut Mediterrani d’Estudis Avançats (CSIC-UIB). C/ Miquel Marqués 2, 07190 Esporles. Illes Balears (vieamvv0@uib.es). 2-División de Microbiología, Dep. Fisiología, Genética y Microbiología, Universidad de Alicante, 03080 Alicante. 3- Max-Planck-Institut für Marine Mikrobiologie. Celsiusstr. 1. D-28359 Bremen. 4-Departamento de Fisiología y Biodiversidad Molecular. Instituto de Biología Molecular de Barcelona, CSIC. Jordi Girona 18. 08034 Barcelona
Salinibacter es el primer género halófilo estricto del dominio Bacteria, del que se demostró su relevancia ecológica. Éste se descubrió inicialmente en cristalizadores de salinas de Mallorca y Alicante pero posteriormente se demostró una distribución geográfica mucho más amplia. Este microorganismo que puede llegar a constituir hasta el 27% de la microbiota autóctona, se afilía con el género Rhodothermus formando una rama independiente y profunda en el filum Bacteroidetes. El aislamiento en cultivo puro permitió clasificarla como género y especie nueva Salinibacter ruber (Antón et al., 2000, 2002). Se caracteriza por ser un bacilo móvil con flagelación polar, Gram negativo, aeróbico estricto, heterótrofo, y con un óptimo de crecimiento entre 20-30% de salinidad. La especie se muestra geográficamente homogénea en cuanto a las características taxonómicas analizadas.
Actualmente se dispone del 80% del genoma de la cepa tipo M31T secuenciado. En el presente estudio se pretende analizar un número de genes esenciales representativo del genoma, y que codifiquen para proteínas, resolver cada filogenia individualmente y compararla con la reconstrucción basada en DNAr 16S. Principalmente se pretende evaluar la reconstrucción resultante de la concatenación de todos los genes. Para ello han seleccionado 23 genes que, aunque suponen un 1% del genoma, se encuentran dispersos a lo largo de éste. Además, éstos pertenecen a diferentes metabolismos tanto de ácidos nucleicos, como proteínas y al metabolismo energético. Para la evaluación se han ensayado varios algoritmos de reconstrucción como son Mr Bayes, PHYML, PHYLIP. Así mismo, se han evaluado las topologías mediante el uso de distintos filtros de conservación de posiciones homólogas generados con el programa Gblocks.
Los resultados preliminares muestran que las reconstrucciones filogenéticas de la mayor parte de los genes analizados son concordantes con la del DNAr 16S, aunque en algunos casos se han observado topologías de árbol discordantes, posiblemente debido a artefactos filogenéticos. El árbol resultado de la concatenación con casi 10.000 posiciones homólogas recapitula en gran medida la filogenia mostrada por el DNAr 16S.
Antón, J., et al. (2000) Appl Environ Microbiol 66, 3052-3057
Antón, J., et al. (2002) Int J Syst Evol Microbiol 52, 845-491
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