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División de Microbiología, Campus de San Juan, Universidad Miguel Hernández, Apdo. 18, 03550. San Juan, Alicante. E-mail: jc.alba@umh.es
Desde hace 15 años una larga cantidad de secuencias microbianas se han caracterizado y están disponibles en las distintas bases de datos existentes. Muchas de estas secuencias, si no la gran mayoría, se corresponden con productos de PCR amplificados directamente de las muestras naturales, clonando y secuenciando posteriormente. Ahora bien, del total de las secuencias, que procedan de ambientes marinos apenas si llegarán a las 6000. En cualquier caso, bases de datos de ADN tipo Genebank, aportan poca información que relacione parámetros ecológicos u oceanográficos con la biodiversidad estimada a través del DNA secuenciado. Pues bien, aquí describimos una base de datos pública donde ambas fuentes informativas (ecológicas y oceanográficas) han sido combinadas con secuencias, caracterizadas taxonómicamente, para así tratar de establecer una conexión entre las características geográficas y los habitats para cada taxón, dentro de los procariotas marinos, incluyendo aquellos no cultivados conocidos sólo a través de su secuencia, para así poder realizar análisis tanto ecológicos como biogeográficos. Actualmente hay disponibles en la base de datos 11430 secuencias correspondientes a genes taxonómicos (16S ARNr, ITS y 23S ARNr) así como de proteínas procedentes de librerías metagenómicas. Es una herramienta por tanto que ayuda a integrar tanto los datos moleculares, como su afiliación taxonómica con las características ecológicas y biogeográficas, permitiendo obtener una representación dinámica de la diversidad marina microbiana. Esta base de datos está disponible a través de la dirección de internet: http://egg.umh.es/micromar/
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